[1] 국세환급금의 충당은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위 또는 소멸에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라기보다는 국가의 환급금 채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 민법상 상계와 비슷하고, 소멸대상인 조세채권이 존재하지 아니하거나 당연무효 또는 취소되는 경우에는 그 충당의 효력이 없는 것으로서 이러한 사유가 있는 경우에 납세의무자로서는 충당의 효력이 없음을 주장하여 언제든지 민사소송으로 이미 결정된 국세환급금의 반환을 청구할 수 있다. 이와 같이 국세환급금 충당의 효력이 없는 경우 그 범위에서 되살아나는 권리는 충당의 대상이 되었던 조세의 환급청구권이 아니라 당초 확정되었다가 충당된 조세의 환급청구권이다. 나아가 이러한 법리는 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 관한 환급금이 다른 조세채권에 충당 처리되었다가 해당 조세채권이 마찬가지로 존재하지 않거나 당연무효 또는 취소되는 경우에도 동일하게 적용된다.
[2] 원천징수 세제에서 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 원천징수대상이 아닌 소득에 대하여 세액을 징수·납부하였거나 징수하여야 할 세액을 초과하여 징수·납부하였다면, 이는 국가가 원천징수의무자로부터 납부받는 순간 아무런 법률상 원인이 없는 부당이득이 된다. 이때 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 관하여는 원천징수의무자가 그 환급청구권자가 되고, 원천납세의무자는 자신 명의로 납부된 세액에 관하여만 환급청구권자가 될 수 있을 뿐이다.
[3] 甲 은행 등 원천징수의무자들이 乙 외국법인 등과 관련된 乙 법인 등의 하위 중간 지주회사들에 배당금 등을 지급하면서 관련 국세를 원천징수하여 과세관청에 납부하자, 과세관청이 위 원천소득의 실질귀속자는 乙 법인 등이고 그들에게 국내 고정사업장 또는 국내사업장이 있다며 乙 법인 등에 소득세 또는 법인세 부과처분을 하면서 위 원천징수 관련 환급금을 소득세 또는 법인세의 기납부세액으로 공제·충당 처리하였다가, 외국의 합자회사에 대해서는 소득세가 아닌 법인세가 부과되어야 한다는 취지의 대법원판결이 있은 후 소득세 부과처분을 취소하고 법인세 부과처분을 다시 하면서 위 원천징수세액 환급금을 법인세 기납부세액으로 재차 공제·충당하였는데, 이후 乙 법인 등은 국내에 고정사업장 등을 가지고 있다고 보기 어렵다는 이유로 확정판결에 의해 법인세 부과처분이 취소되자, 乙 법인 등이 법인세 기납부세액으로 충당 처리되었던 원천징수세액 가운데 환급되지 않고 남아있는 부분에 관한 권리가 자신들에게 있다며 국가를 상대로 부당이득반환을 구한 사안에서, 원천징수세액이 甲 은행 등 원천징수의무자들 명의로 납부된 이상 원천징수세액에 관한 국세환급금에 대한 권리가 甲 은행 등에 있다고 보는 것이 타당하고, 甲 은행 등 원천징수의무자들 명의로 납부된 세액이 乙 법인 등에 대한 법인세에 공제·충당된 적이 있다거나 법인세 부과처분이 취소판결에 의해 취소되었다는 사정만으로 乙 법인 등이 곧바로 국가에 대해 원천징수세액 상당의 환급금 지급을 구할 수 있다고 단정하기 어려운데도, 이와 달리 보아 법인세 부과처분이 취소되더라도 원천징수의무자들의 환급청구권이 되살아난다고 볼 수 없고 원천징수세액 환급금을 법인세 기납부세액으로 삼는 데 당사자 사이에 묵시적 합의가 있었다는 등의 이유로 원천징수세액 상당의 지급을 구하는 乙 법인 등의 청구를 일부 인용한 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.
